Exposé des motifs
M esdames , M essieurs ,
Le maintien dans l’emploi des agents publics atteints de pathologies lourdes constitue un enjeu majeur de protection de la santé des travailleurs, d’égalité de traitement au sein de la fonction publique et de continuité du service public.
Notre droit prévoit aujourd’hui la possibilité pour les agents des trois versants de la fonction publique d’exercer leurs missions à temps partiel pour des raisons de santé. Ce dispositif du temps partiel thérapeutique (TPT), inscrit dans le code général de la fonction publique (CGFP), permet aujourd’hui aux fonctionnaires dont l’état de santé le justifie de poursuivre ou de reprendre leur activité selon une quotité de travail adaptée, tout en conservant l’intégralité de leur traitement.
Toutefois, le TPT reste strictement borné dans le temps. Depuis la réforme intervenue par l’ordonnance n° 2020‑1447 du 25 novembre 2020, la durée cumulée du temps partiel thérapeutique est plafonnée à un an, quelle que soit la pathologie en cause. Une fois ce plafond atteint, une nouvelle autorisation ne peut être sollicitée qu’à l’issue d’un délai minimal d’un an. Ce régime, sans doute pensé pour des situations de convalescence transitoire, ne correspond pas à la réalité de maladies lourdes ou chroniques évolutives (sclérose en plaques, insuffisance rénale, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, certains cancers ou pathologies neurodégénératives…) qui nécessitent, par nature, des adaptations régulières ou parfois prolongées du temps de travail. Le système actuel impose donc à certains agents une reprise à temps plein alors même que leur état de santé nécessite encore un aménagement durable de leur temps de travail, au risque d’entraîner une aggravation de l’état de santé des agents concernés, des ruptures de parcours professionnels et, dans certains cas, une sortie de l’emploi public alors même que le maintien dans l’emploi demeure médicalement possible. Le cadre juridique actuel apparaît donc aujourd’hui inadapté.
De plus, il existe une inégalité de traitement avérée avec le secteur privé. Le régime applicable aux salariés relevant du régime général de la sécurité sociale autorise le versement de l’indemnité journalière au titre d’un temps partiel thérapeutique pendant une durée pouvant atteindre trois ans pour une affection de longue durée (ALD), portée à quatre ans par le mécanisme de prolongation prévu par décret. Un salarié du secteur privé atteint, par exemple, d’une pathologie chronique évolutive peut ainsi bénéficier d’un aménagement de son temps de travail sur une durée largement supérieure à celle pouvant être accordée à un fonctionnaire placé dans la même situation médicale.
Enfin, au sein même de nos administrations, de nos hôpitaux ou de nos collectivités, une autre inégalité touche spécifiquement les fonctionnaires titulaires. En effet, les agents contractuels de droit public relèvent, pour l’indemnisation de leur temps partiel thérapeutique, du régime général de la sécurité sociale et non du CGFP. Ils peuvent, à ce titre, bénéficier en cas d’affection de longue durée du même régime que les salariés du privé. Le fonctionnaire titulaire, statutairement censé être davantage protégé à tous autres égards, se trouve ainsi paradoxalement moins bien traité que le contractuel exerçant au même poste, atteint de la même pathologie.
Durant l’été 2026, le décret n° 2026‑705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, entré en vigueur le 1 er août 2026, a modifié la procédure applicable au TPT dans les trois versants : suppression de l’examen systématique par un médecin agréé au‑delà de trois mois, délai de décision ramené à trente jours, obligation de motivation et d’entretien préalable en cas de refus. Ces avancées procédurales, bienvenues, laissent toutefois entièrement inchangé le plafond d’un an fixé par la loi. Interrogé sur ce point précis par une question écrite au Gouvernement, ce dernier a confirmé, dans une réponse publiée le 1 er septembre 2026, que la création d’un droit au temps partiel thérapeutique sans interruption pour les agents atteints de pathologies chroniques supposerait une évolution des dispositions législatives du CGFP. C’est précisément l’objet de la présente proposition de loi.
Par ailleurs, le Gouvernement met en avant la possibilité de bénéficier de plein droit d’un temps partiel sans plafond de durée pour les agents en situation de handicap. Ce dispositif ne saurait toutefois se substituer à l’extension du TPT. D’une part, il suppose l’obtention préalable de la reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé (RQTH), démarche administrative longue, à l’issue incertaine, et que tous les agents atteints notamment d’une maladie chronique évolutive ne souhaitent pas ou ne peuvent pas engager, notamment lorsque leur pathologie n’a pas encore atteint un stade ouvrant droit à cette reconnaissance. D’autre part, et surtout, ce temps partiel de droit commun est rémunéré au prorata de la quotité travaillée, alors que le TPT garantit le maintien de l’intégralité du traitement : y recourir en lieu et place du temps partiel thérapeutique reviendrait à faire peser sur l’agent une perte de revenu précisément au moment où sa situation médicale appelle une protection renforcée. Ce dispositif relève d’une logique d’adaptation au handicap, quand le temps partiel thérapeutique répond à une logique médicale et évolutive, prescrite et suivie par le médecin traitant en lien avec le conseil médical.
Plutôt que de créer un régime dérogatoire circonscrit à certaines pathologies – dont la définition juridique se prêterait à des difficultés d’application et à des inégalités de traitement entre agents selon la qualification retenue –, la présente proposition de loi fait le choix d’une réforme plus globale du temps partiel thérapeutique. Elle supprime le plafond d’un an ainsi que le délai de carence applicable à son renouvellement, quelle que soit l’origine médicale du recours au dispositif. Le contrôle médical exercé à chaque renouvellement par le conseil médical ou le médecin agréé demeure le garant de la pertinence du maintien du temps partiel thérapeutique, garantissant que cette évolution ne constitue pas un droit inconditionnel mais un aménagement dont la durée s’ajuste à la réalité de l’état de santé de l’agent. Tel est l’objet des articles 1 er et 2 de la présente proposition de loi.
Cette évolution législative permettrait notamment de prendre en compte les spécificités des maladies chroniques évolutives dans la fonction publique, en sécurisant les parcours professionnels des agents concernés et en renforçant l’articulation entre l’appréciation médicale et la décision administrative.
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proposition de loi